Bước 1. Nộp hồ sơ:
Hồ sơ đề nghị cấp phép nghiên cứu khoa học gửi qua đường ngoại giao đến Bộ Tài nguyên và Môi trường. Trường hợp tổ chức nước ngoài là tổ chức liên Chính phủ thì gửi hồ sơ qua đường ngoại giao hoặc gửi trực tiếp đến Bộ Tài nguyên và Môi trường. Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài mà nước đó chưa có quan hệ ngoại giao với Việt Nam thì gửi hồ sơ trực tiếp đến Bộ Tài nguyên và Môi trường. Thời gian thực hiện: chậm nhất 06 tháng trước thời điểm dự kiến tiến hành nghiên cứu khoa học.
Bước 2. Kiểm tra hồ sơ:
Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hình thức, thành phần, nội dung của hồ sơ, có văn bản thông báo cho tổ chức cá nhân nước ngoài về việc tiếp nhận hồ sơ trong trường hợp hồ sơ đầy đủ theo đúng quy định hoặc có văn bản thông báo cho tổ chức, cá nhân nước ngoài về việc bổ sung, hoàn thiện hồ sơ trong trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ theo đúng quy định; Thời gian kiểm tra hồ sơ: 05 ngày làm việc.
Bước 3. Lấy ý kiến các cơ quan có liên quan:
Bộ Tài nguyên và Môi trường gửi văn bản kèm theo hồ sơ đề nghị cấp phép đến Bộ Quốc phòng, Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Khoa học và Công nghệ và các bộ quản lý ngành, lĩnh vực, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các cơ quan có liên quan để lấy ý kiến về việc cấp phép nghiên cứu khoa học. Thời gian lấy ý kiến: trong vòng 05 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị cấp phép, Bộ Tài nguyên và Môi trường có công văn gửi lấy ý kiến các cơ quan có liên quan, trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận được văn bản lấy ý kiến của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các cơ quan được lấy ý kiến phải có văn bản trả lời. Đối với các trường hợp có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển mà có ý kiến không đồng ý của 01 trong các Bộ: Bộ Quốc phòng, Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài nguyên và Môi trường có văn bản thông báo đến tổ chức, cá nhân nước ngoài và yêu cầu tổ chức, cá nhân điều chỉnh nội dung nghiên cứu, chỉnh sửa và gửi lại hồ sơ đề nghị cấp. Thời gian tổ chức, cá nhân điều chỉnh nội dung nghiên cứu, chỉnh sửa và gửi lại hồ sơ đề nghị cấp phép là trong vòng 30 ngày.
Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài không điều chỉnh nội dung nghiên cứu, chỉnh sửa và gửi lại hồ sơ đề nghị cấp phép trong thời hạn quy định, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành văn bản thông báo đến tổ chức, cá nhân nước ngoài về việc từ chối cấp phép.
Trường hợp có yêu cầu hợp tác của phía Việt Nam đối với hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam; nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển, Bộ Tài nguyên và Môi trường xem xét, đánh giá khả năng và nhu cầu hợp tác của phía Việt Nam trên cơ sở ý kiến đề xuất hợp tác của các cơ quan và ban hành văn bản thông báo đến tổ chức, cá nhân nước ngoài về nội dung, yêu cầu hợp tác. Tổ chức, cá nhân nước ngoài phải trả lời bằng văn bản về việc đồng ý hay không đồng ý hợp tác (trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận được thông báo của Bộ Tài nguyên và Môi trường).
Trường hợp đồng ý hợp tác, tổ chức, cá nhân nước ngoài và phía Việt Nam trao đổi, thảo luận các nội dung và điều kiện hợp tác, ký văn bản thỏa thuận hợp tác gửi bổ sung vào hồ sơ đề nghị cấp phép đến Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Bước 4. Thẩm định hồ sơ:
Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức thẩm định cấp phép, kết quả thẩm định phải được lập thành văn bản. Thời gian thẩm định: 90 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị cấp phép nghiên cứu khoa học theo quy định.
Bước 5. Quyết định việc cấp phép nghiên cứu khoa học:
Trên cơ sở kết quả thẩm định, trường hợp hồ sơ đề nghị cấp phép đáp ứng các yêu cầu, điều kiện theo quy định và có ý kiến thống nhất của Bộ Quốc phòng, Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Khoa học và Công nghệ về việc cấp phép, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành quyết định cấp phép cho tổ chức, cá nhân nước ngoài nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam.
Trường hợp hồ sơ đề nghị cấp phép không đáp ứng các yêu cầu, điều kiện theo quy định hoặc thuộc một trong các trường hợp từ chối cấp phép theo quy định, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành văn bản thông báo đến tổ chức, cá nhân nước ngoài về việc từ chối cấp phép.
Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài không đồng ý hợp tác trong trường hợp có yêu cầu hợp tác của phía Việt Nam đối với hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam; nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành văn bản thông báo đến tổ chức, cá nhân nước ngoài về việc từ chối cấp phép. Thời gian xem xét ra quyết định cấp phép: chậm nhất trong thời hạn 120 ngày kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ đề nghị cấp phép nghiên cứu khoa học theo quy định.
Thời hạn ra quyết định về việc cấp phép nghiên cứu khoa học đối với trường hợp nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển; nghiên cứu khoa học trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam trong trường hợp có yêu cầu hợp tác của phía Việt Nam theo quy định tại Điều 16 của Nghị định số 41/2016/NĐ-CP thì thời hạn 120 xem xét ra quyết định cấp phép được tính từ ngày cơ quan tiếp nhận hồ sơ nhận được văn bản hợp tác nghiên cứu khoa học bổ sung vào hồ sơ hoặc nhận được hồ sơ đã điều chỉnh bổ sung nghiên cứu khoa học không có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển.
Bước 6. thông báo và trả kết quả hồ sơ:
Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm gửi quyết định cấp phép hoặc văn bản thông báo từ chối cấp phép nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam đến tổ chức, cá nhân nước ngoài, các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các cơ quan có liên quan.